Une analyse indique que, dans le diagnostic des infections respiratoires chez les jeunes enfants, lorsqu’on ne recherche que les virus, il devient difficile de détecter suffisamment les co-infections impliquant des agents responsables de pneumonie. Seegene estime qu’il est nécessaire d’avoir, comme nouvelle stratégie de diagnostic des infections respiratoires, un test PCR « syndromique » permettant d’identifier à la fois les virus et les bactéries responsables de pneumonie.
La société de diagnostic moléculaire Seegene a annoncé le 15, après avoir analysé les données issues de sa plateforme d’analyse statistique « Stagora (STAgora) », les résultats d’une analyse portant sur environ 260 000 données de tests PCR d’infections respiratoires chez des enfants de 0 à 5 ans : des cas de co-infection, avec détection simultanée des virus et des germes de pneumonie, y ont été observés en nombre significatif. Les données analysées proviennent de tests accumulés sur une période récente de 3 ans et 6 mois.
Selon Seegene, dans 78 % des cas positifs aux tests en panel de virus, un germe de pneumonie est également détecté. À l’inverse, parmi les cas confirmés positifs sur le test des germes de pneumonie, 88 % montrent aussi une détection simultanée de virus. Cela signifie que si l’on ne teste qu’un seul des deux (virus ou germes de pneumonie), on risque de passer à côté de la co-infection.
Les infections respiratoires sont difficiles à distinguer par la seule identification de l’agent responsable au moment de l’apparition des premiers symptômes : toux, fièvre, écoulement nasal, etc. Ces symptômes peuvent apparaître à la fois lors d’une infection virale et lors d’une infection par des germes responsables de pneumonie. Chez les jeunes enfants, le risque que l’infection évolue vers des formes graves comme la pneumonie ou la septicémie rend nécessaire d’examiner au début, de manière large, plusieurs agents pathogènes.
Dans cette analyse, parmi les cas positifs au test PCR syndromique confirmant à la fois les virus et les germes de pneumonie, 82 % présentent une détection simultanée de deux agents pathogènes ou plus. Seegene explique que ces résultats étayent le fait qu’en matière de diagnostic des infections respiratoires, un test syndromique est nécessaire plutôt qu’une analyse ciblée d’un seul agent pathogène.
Des co-infections qu’on rate avec le test isolé… « Il faut identifier plusieurs agents pathogènes en une seule fois »
Dans les milieux médicaux, des tests destinés à vérifier en priorité la présence d’infections par des virus majeurs, tels que la grippe et le Covid-19, ou le virus respiratoire syncytial (VRS/RSV), sont le plus souvent mis en œuvre.
Dans l’analyse de la demande, que Seegene a effectuée à partir des produits de tests PCR respiratoires fournis au cours des trois dernières années dans 62 pays à travers le monde, les produits de test de virus représentaient environ 80 %, et les produits de test de germes de pneumonie environ 20 %.
Cependant, dans les infections respiratoires réelles, les situations où des virus et des agents pathogènes bactériens sont détectés ensemble ne sont pas rares. Un test isolé, limité à la vérification de certains agents pathogènes, peut être utile pour confirmer rapidement l’existence d’une infection, mais il peut présenter des limites pour comprendre le profil de co-infection ou de co-infection multiple.
Le test PCR syndromique complet proposé par Seegene consiste à analyser une seule et même analyse (échantillon) afin d’identifier simultanément les principaux virus respiratoires et les germes de pneumonie. L’objectif est de déterminer plus largement la cause de l’infection en analysant plusieurs agents pathogènes en une seule fois, et d’aider les cliniciens dans leurs décisions de diagnostic et de traitement.
Les résultats de test ne se limitent pas non plus à une simple attribution « positif » ou « négatif ». Le rapport Stagora montre visuellement, outre la question de la co-infection, les combinaisons d’agents pathogènes et leur répartition, et il fournit également les valeurs Ct (Cycle threshold, seuil de détection en amplification) qui indiquent l’intensité de détection par agent pathogène.
Les cliniciens peuvent ainsi, à partir de ces éléments, se référer aux niveaux relatifs de détection et aux associations propres à chaque agent pathogène dans les cas de co-infection. Toutefois, les valeurs Ct peuvent varier selon les conditions du test et l’état de l’échantillon : elles doivent donc être interprétées en tenant compte, en parallèle, des symptômes cliniques et des résultats du test.
Une étude mondiale de 1 million de cas en août… pour valider la valeur du dépistage simultané
Seegene prévoit de lancer en pleine mesure, à partir du mois d’août, le programme « Global Million Clinical Study (GMCS) » (« étude clinique mondiale d’un million de cas »). Le GMCS est un projet visant à constituer des bases scientifiques et à bâtir un argumentaire permettant de vérifier, à partir des données cliniques réelles accumulées dans des établissements médicaux du monde entier, la valeur clinique des stratégies de test par maladie, et d’élaborer de nouveaux standards globaux de dépistage.
Grâce à cette étude, Seegene entend établir une base pour passer d’un système de diagnostic centré sur des tests isolés permettant de détecter séparément les virus ou les germes de pneumonie à un schéma de test PCR syndromique complet qui identifie simultanément plusieurs agents pathogènes, en fonction des symptômes. La société a l’intention, sur cette base, de promouvoir une harmonisation mondiale des pratiques de test PCR syndromique complet dans le domaine du diagnostic des infections respiratoires.
