Riset mikrobioma manusia kini distandardisasi hingga mencakup jamur, melampaui bakteri dan virus

Di dalam tubuh manusia, bukan hanya bakteri yang hidup. Di kulit, usus, mulut, saluran pernapasan, dan bagian lain, virus serta jamur—termasuk kapang dan ragi—juga hidup berdampingan.

Standar nasional riset mikrobioma yang selama ini berfokus pada bakteri dan virus kini diperluas hingga mencakup jamur. Perluasan ini ditujukan untuk menekan perbedaan hasil yang muncul ketika tiap lembaga riset menggunakan cara berbeda dalam menangani sampel atau menganalisis informasi genetik.

National Institute of Health di bawah Korea Disease Control and Prevention Agency (KDCA) menyatakan pada tanggal 20 bahwa lembaganya, bersama Kementerian Kesehatan dan Kesejahteraan, menerbitkan edisi revisi “Pedoman Operasional Program R&D Riset Mikrobioma Manusia Berbasis Rumah Sakit”.

Mikrobioma merujuk pada mikroorganisme yang hidup di lingkungan tertentu—seperti manusia, hewan dan tumbuhan, tanah, serta laut—beserta informasi genetiknya. Mikrobioma dimanfaatkan dalam riset untuk memahami bagaimana penyakit muncul dan berkembang, atau untuk menemukan metode diagnosis dan terapi baru.

Perubahan paling menonjol dalam revisi kali ini adalah dimasukkannya mikrobioma jamur, yakni “mycobiome (Mycobiome)”, sebagai objek riset standar, menyusul bakteri dan virus.

Jumlahnya sedikit dan ekstraksi DNA pun rumit…mengapa riset jamur sulit

Jamur ditemukan di berbagai bagian tubuh manusia, termasuk usus, kulit, rongga mulut, dan saluran pernapasan. Belakangan, riset yang berupaya mengungkap bagaimana jamur berinteraksi dengan sistem imun atau mikroorganisme lain, serta kaitannya dengan berbagai penyakit, juga semakin meningkat.

Namun, dibandingkan bakteri, riset jamur lebih menantang. Dalam sampel tubuh manusia, jumlah jamur sering kali lebih sedikit daripada bakteri, dan karena dinding selnya keras, proses mengekstraksi DNA dalam jumlah memadai juga tidak mudah.

Hasil juga dapat berubah bergantung pada cara sampel diambil dan disimpan, serta metode yang digunakan untuk mengekstraksi DNA. Penentuan bagian gen yang dianalisis juga berpengaruh.

Pengendalian kontaminasi juga penting. Pada sampel dengan jumlah jamur yang sedikit, DNA jamur yang tercampur dari lingkungan atau reagen laboratorium dapat terdeteksi seolah-olah berasal dari tubuh manusia.

Hal inilah yang membuat, meski menganalisis sampel yang sama, hasilnya dapat berbeda antar lembaga riset.

Standar bersama dari penanganan sampel hingga analisis informasi genetik

KDCA memasukkan prosedur dan standar bersama untuk riset jamur dalam edisi revisi ini untuk mengurangi perbedaan tersebut. Pedoman ini memuat standar yang dapat diterapkan pada setiap tahap riset, mulai dari penanganan sampel hingga analisis informasi genetik.

Tujuannya adalah mengurangi masalah perbedaan hasil analisis antar lembaga riset, sekaligus memungkinkan data dari institusi berbeda untuk dibandingkan atau digunakan bersama.

Pedoman yang sudah ada juga diperbarui agar selaras dengan perubahan lingkungan riset dan teknologi analisis. Dengan menambahkan mycobiome ke dalam “bacteriome (Bacteriome)” yang menangani bakteri dan “virome (Virome)” yang menangani virus, cakupan riset mikroorganisme manusia diperluas.

Standar juga disusun agar informasi klinis pasien dan informasi genetik mikroorganisme dapat dianalisis bersama. Ini dilakukan untuk menelaah data penyakit atau terapi bersama data mikrobioma, sehingga dapat memeriksa bagaimana perubahan mikroorganisme tertentu berkaitan dengan penyakit.

Namun, fakta bahwa mikroorganisme tertentu lebih banyak atau lebih sedikit pada pasien tidak serta-merta dapat dipastikan sebagai penyebab penyakit. Mikrobioma dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti pola makan, obat-obatan, lingkungan hidup, dan status imun. Diperlukan riset tambahan untuk mengungkap hubungan kausal dengan penyakit.

Investasi 49,9 miliar won hingga 2027…membangun basis riset diagnosis dan terapi yang disesuaikan untuk warga Korea

Pedoman ini merupakan salah satu bagian dari “Program R&D Riset Mikrobioma Manusia Berbasis Rumah Sakit” yang didorong KDCA dan Kementerian Kesehatan dan Kesejahteraan sejak 2023.

Tahap 1 program berlangsung selama 5 tahun hingga 2027, dengan total anggaran 49,9 miliar won. KDCA mengalokasikan 24,5 miliar won, sementara Kementerian Kesehatan dan Kesejahteraan mengalokasikan 25,4 miliar won.

Targetnya adalah menyiapkan fondasi untuk menganalisis informasi klinis dan data mikrobioma yang diperoleh dari rumah sakit secara terpadu, lalu menghubungkannya dengan pengembangan metode diagnosis dan obat terapi yang sesuai bagi warga Korea.

Pedoman ini akan dibuka untuk digunakan tidak hanya oleh institusi peserta program, tetapi juga oleh universitas, rumah sakit, dan lembaga riset. National Institute of Health berencana menyosialisasikan isinya kepada asosiasi akademik terkait dan lembaga riset, serta terus menyempurnakannya dengan mencerminkan masukan lapangan dan perubahan teknologi.

Chae Hee-yeol, Direktur Pusat Riset Penyakit Menular di National Institute of Health, mengatakan, “Riset mikrobioma berkembang cepat dari bakteri ke virus dan jamur, sehingga standardisasi penting untuk meningkatkan keandalan dan kegunaan hasil riset,” seraya menambahkan, “Kami berharap ini dapat dimanfaatkan sebagai standar bersama agar data yang diproduksi tiap institusi dapat dibandingkan dan dihubungkan secara andal.”