Recherche sur le microbiote humain : la standardisation s’étend aussi aux champignons, au-delà des bactéries et des virus

Notre corps n’abrite pas que des bactéries. La peau, l’intestin, la bouche, les voies respiratoires, entre autres, hébergent aussi des virus et des champignons — notamment des moisissures et des levures.

Les standards nationaux de recherche sur le microbiote, jusqu’ici centrés sur les bactéries et les virus, vont désormais s’étendre aux champignons. L’objectif est de réduire les écarts de résultats liés aux différences, d’un institut à l’autre, dans la manipulation des échantillons ou l’analyse des informations génétiques.

L’Institut national de la santé, rattaché à l’Agence coréenne de contrôle et de prévention des maladies, a annoncé le 20 avoir publié, conjointement avec le ministère de la Santé et du Bien-être, une version révisée des « lignes directrices de fonctionnement du programme de recherche et développement sur le microbiote humain en milieu hospitalier ».

Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement donné — chez l’être humain, les animaux et les plantes, mais aussi dans les sols ou les océans — ainsi que les informations génétiques qu’ils portent. Il est utilisé dans des travaux visant à comprendre l’apparition et la progression des maladies, ou à mettre au point de nouvelles méthodes de diagnostic et de traitement.

Le changement le plus marquant de cette révision est l’inclusion, après les bactéries et les virus, du microbiote fongique — le « mycobiome (Mycobiome) » — parmi les objets d’étude standardisés.

Peu abondants et difficiles à extraire : pourquoi la recherche sur les champignons est complexe

Les champignons sont détectés dans plusieurs parties du corps, notamment l’intestin, la peau, la cavité buccale et les voies respiratoires. Ces dernières années, les recherches se multiplient aussi pour comprendre comment ils interagissent avec le système immunitaire ou avec d’autres micro-organismes, et quels liens ils entretiennent avec diverses maladies.

Mais l’étude est plus délicate que pour les bactéries. Dans les échantillons humains, les champignons sont souvent présents en quantité plus faible que les bactéries, et leur paroi cellulaire rigide complique l’extraction d’une quantité suffisante d’ADN.

Les résultats peuvent aussi varier selon la manière dont l’échantillon a été prélevé et conservé, ou selon la méthode utilisée pour extraire l’ADN. Le choix de la région génétique à analyser influe également.

La maîtrise des contaminations est, elle aussi, essentielle. Dans les échantillons pauvres en champignons, de l’ADN fongique provenant de l’environnement ou des réactifs de laboratoire peut se retrouver mélangé et être détecté comme s’il provenait réellement du corps humain.

C’est l’une des raisons pour lesquelles, à partir d’un même échantillon, les résultats peuvent différer d’un organisme de recherche à l’autre.

Des critères communs, du traitement des échantillons à l’analyse génétique

L’Agence coréenne de contrôle et de prévention des maladies a intégré, dans cette édition révisée, de nouvelles procédures et normes communes pour la recherche sur les champignons afin de réduire ces écarts. Elle propose des critères applicables à chaque étape, du traitement des échantillons à l’analyse des informations génétiques.

L’objectif est de limiter les divergences de résultats entre instituts et de permettre la comparaison ou l’utilisation conjointe de données produites par des organismes différents.

Les directives existantes ont également été ajustées pour tenir compte de l’évolution de l’environnement de recherche et des techniques d’analyse. En ajoutant le mycobiome aux volets consacrés aux bactéries — le « bactériome (Bacteriome) » — et aux virus — le « virome (Virome) » —, le périmètre des recherches sur les micro-organismes humains s’élargit.

Des critères ont aussi été établis pour permettre l’analyse conjointe des informations cliniques des patients et des données génétiques microbiennes. Il s’agit d’examiner ensemble les informations sur la maladie ou les traitements et les données de microbiote, afin de vérifier comment les variations de certains micro-organismes sont liées à une pathologie.

Le fait qu’un micro-organisme soit plus ou moins abondant chez un patient ne permet toutefois pas, à lui seul, de conclure qu’il est la cause d’une maladie. Le microbiote est influencé par de nombreux facteurs, dont l’alimentation, les médicaments, l’environnement de vie et l’état immunitaire. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour établir un lien de causalité avec les maladies.

49,9 milliards de wons investis d’ici 2027… poser les bases de diagnostics et traitements adaptés aux Coréens

Ces lignes directrices s’inscrivent dans le « programme de recherche et développement sur le microbiote humain en milieu hospitalier » mené par l’Agence coréenne de contrôle et de prévention des maladies et le ministère de la Santé et du Bien-être depuis 2023.

La première phase du programme se déroulera sur cinq ans, jusqu’en 2027, pour un budget total de 49,9 milliards de wons. L’Agence coréenne de contrôle et de prévention des maladies apportera 24,5 milliards de wons et le ministère de la Santé et du Bien-être 25,4 milliards de wons.

L’objectif est de mettre en place une base permettant d’analyser conjointement les informations cliniques recueillies à l’hôpital et les données de microbiote, puis de traduire ces résultats en méthodes de diagnostic et en traitements adaptés aux Coréens.

Les lignes directrices seront rendues publiques afin de pouvoir être utilisées non seulement par les organismes participant au programme, mais aussi par les universités, hôpitaux et instituts de recherche. L’Institut national de la santé prévoit d’en informer les sociétés savantes et les organismes concernés, et de continuer à les améliorer en intégrant les retours du terrain et l’évolution des technologies.

Chae Hee-yeol, directeur du Centre de recherche sur les maladies infectieuses de l’Institut national de la santé, a déclaré : « La recherche sur le microbiote s’étend rapidement des bactéries aux virus et aux champignons, entre autres ; la standardisation est donc essentielle pour renforcer la fiabilité et l’utilité des résultats. » Il a ajouté : « Nous espérons que ces critères communs serviront à comparer et à relier de manière fiable les données produites par chaque organisme. »